Στην Κρήτη υπάρχουν τρία μεγάλα τριτοβάθμια εκπαιδευτικά ιδρύματα :

• Το Πανεπιστήμιο Κρήτης, με τμήματα στο Ηράκλειο και το Ρέθυμνο
• Το Πολυτεχνείο Κρήτης στα Χανιά
• Το Τεχνολογικό Εκπαιδευτικό Ίδρυμα (Τ.Ε.Ι.) Ηρακλείου, με τμήματα στο Ηράκλειο και τα Χανιά

Επιπροσθέτως το Ηράκλειο είναι η έδρα του Ιδρύματος Έρευνας-Τεχνολογίας, ενός από τα ποιο σημαντικά ερευνητικά κέντρα της Ελλάδος. Το Ίδρυμα αυτό αποτελείται από επτά τμήματα τα οποία πέντε από αυτά έχουν έδρα την Κρήτη. Αυτά είναι :

• Βιολογία
• Επιστήμη Ηλεκτρονικών Υπολογιστών
• Εφαρμοσμένα Μαθηματικά
• Laser και Μικροηλεκτρονικά
• Μεσογειακές Σπουδές

Τα Χανιά επίσης είναι η έδρα του Μεσογειακού Αγρονομικού Ινστιτούτου Χανίων (Μ.Α.Ι.Χ.) το οποίο είναι ένα μεταπτυχιακό εκπαιδευτικό ινστιτούτο που υπάγεται στο Διεθνές Κέντρο Μεσογειακών Αγρονομικών Σπουδών (ΔΙ.Κ.Μ.Α.Σ.) με έδρα τη Γαλλία. Το ΜΑΙΧ προσφέρει μεταπτυχιακές σπουδές επιπέδου Master στα εξής πεδία :

• Γεωπονικές Επιστήμες & Τεχνολογία
• Φυσικά Προϊόντα
• Περιβαλλοντικές και Ανανεώσιμες πηγές
• Οικονομικές Επιστήμες
• Ποιότητα Τροφίμων